Esenzione dalla Protezione Brevettuale per l'Interoperabilità
Molti gruppi hanno proposto emendamenti che escludono o pretendono di escludere dalla protezione brevettuale l'interoperazione tra due sistemi. Visto che l'obiettivo principale della direttiva è di chiarire le regole per la concessione piuttosto che per la protezione questa è veramente una questione marginale, e la mancanza di tempo prima della seconda lettura non permettono al Parlamento di studiarla a fondo. Non c'è alcun motivo valido per non mantenere la versione della prima lettura. Molte delle varianti sono ugualmente accettabili. Una definizione separata di interoperabilità è comunque utile. Ad ogni modo, molte delle varianti proposte servono a stemperare questa esclusione per esempio rendendola dipendente da nozioni vaghe quali "soggetto dominante", la cui applicazione dipende da costosi ricorsi sulla mancanza di competizione, o escludendo il software libero/open source (con formule di licenza di tipo apparentemente "ragionevole e non discriminatorio"), o introducendo i termini astratti dell'articolo 30 dei TRIPs direttamente nella legislazione Europea come condizione limitante.