La Commission européenne est d'abord invitée à formuler ses observations. C'est Anthony Howard, en charge de la rédaction de la directive dans l'unité concernée de la DG Marché Intérieur qui intervint. Il le fit avec une gène visible, ne formulant aucune observation sur le fond, et demandant au comité de considérer les pétitions comme inéligibles parce qu'intervenant dans le processus législatif en cours.
Les représentants des pétitionnaires ont alors 5 minutes pour faire valoir leur point de vue. Bernard Lang représentait Eurolinux, et Philippe Aigrain, les scientifiques.
Les deux interventions ont remercié le parlement de son vote et ont souligné l'importance d'en maintenir la cohérence et les orientations dans la suite du processus législatif.
Les parlementaires sont alors invités à intervenir. Willi Rothley (PSE-DE) fit une intervention d'une rare agressivité. Comme Bernard Lang avait souligné la fierté ressentie par les pétitionnaires à l'égard de la démocratie européenne et le sentiment festif qui l'avait traversé, Willy Rothley avertit qu'au sentiment festif succède la gueule de bois, et qu'il donnait rendez-vous aux pétitionnaires en seconde lecture. Il demanda également au Comité de considérer la pétition comme inéligible. Mr. Rothley, vice-président de la commission JURI, n'est pas membre du comité des pétitions, mais les parlementaires même non membres peuvent être présents et intervenir sur tout sujet de leur intérêt.
Madame Fourtou (PPE-DE, France) intervint sur la même ligne. Elle demanda aussi que les pétitions soient considérées comme inéligibles.
Jan Dhaene (Verts, Belgique) et Marco Cappato (Indépendants, Italie) intervinrent en soutien aux pétititons, défendant que non seulement elles étaient éligibles, mais aussi que le Comité des Pétitions pouvait débattre du fond, car les citoyens et développeurs européens souffrent des abus de l'OEB en matière de délivrance de brevets.
Le Président de séance déclara qu'il était indiscutable que les pétitions étaient éligibles, puisque le droit des citoyens européens de pétitionner sur des sujets pour lesquels un processus législatif est en cours est reconnu par le traité. Il décida également que s'agissant d'une matière législative, et l'intention des pétitionnaires étant clairement d'intervenir dans ce débat, il n'appartient pas au Comité des Pétitions de discuter lui-même du fond, mais simplement de transmettre la pétition au comité compétent, à savoir le comité JURI.
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