Zunächst wurde die europäische Kommission aufgefordert, ihre Bemerkungen abzugeben. Ihr Sprecher war Anthony Howard, der Verantwortliche für den Entwurf des Richtlinienvorschlags in der zuständigen Abteilung der DG Binnenmarkt. Es war ihm sichtlich unangenehm, er machte keine Bemerkungen zur Sache und ersuchte den Ausschuss, beide Petitionen für unzulässig zu erklären, weil sie in einen laufenden Gesetzgebungsprozess eingreifen würden.
Dann wurden den Repräsentanten der Petitionäre je fünf Minuten gegeben, um ihre Sichtweise darzulegen. Bernard Lang vertrat Eurolinux, und Philippe Aigrain sprach für die Wissenschaftler.
Beide Redner dankten dem Parlament für dessen Entscheidung und betonten die Wichtigkeit, deren Zielrichtung und Konsistenz in den nächsten Schritten des Gesetzgebungsverfahrens zu wahren.
Daraufhin wurden die Mitglieder des europäischen Parlaments (MdEPs) zur Debatte aufgefordert. Willi Rothley (PSE-DE) intervenierte mit überraschender Aggressivität. Da Bernard Lang erwähnt hatte, dass die Petitionäre angesichts der Abstimmung stolz auf die europäische Demokratie gewesen wären, warnte Herr Rothley davor, dass nach Hochstimmungen der Katzenjammer komme, und dass die zweite Lesung ganz anders ausfallen könne. Auch er bat den Ausschuss, die Petitionen für ungültig zu erklären. Herr Rothley ist Vizepräsident des JURI-Komitees und kein Mitglied des Petitionsausschusses, aber alle MdEPs sind eingeladen, an Versammlungen teilzunehmen und Ansichten über Gegenstände ihres Interesses auszudrücken.
Frau Janelly Fourtou (PPE-FR) hielt auf gleicher Linie dagegen. Auch sie plädierte dafür, die Petitionen als unzulässig zu erachten.
Jan Dhaene (Grüne, Belgien) und Marco Cappato (Unabhängige, Italien) sprachen sich für die Petitionen aus und sagten, nicht nur seien sie zulässig, sondern der Petitionsausschuss sollte sich ihrer selber annehmen, da Bürger und Entwickler sehr wahrscheinlich unter der mißbräuchlichen Vergabe von Softwarepatenten durch das EPA zu leiden haben würden.
Der Vorsitzende der Versammlung erklärte ohne jeglichen Zweifel, dass die Petitionen zulässig seien, da das Recht, über eine gerade in der Gesetzgebung befindliche Angelegenheit zu petitionieren, vom EU-Vertrag anerkannt wird. Er entschied außerdem, dass, weil es sich um eine gesetzgeberische Angelegenheit handele und es die klare Absicht der Petitionäre sei, sich in diese Debatte einzuschalten, es nicht am Petitionsausschuss sei, die Sachdebatte zu führen, sondern die Petition einfach an den für diese Sachfragen zuständigen Ausschuss übergeben werde, in diesem Fall JURI.
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