Für alle Gesetzgebung im Bereich des Patentwesens ist innerhalb der Bundesregierung das Bundesministerium der Justiz (BMJ) zuständig. Das BMJ unterhält in seiner Abteilung für Industrie und Handel ein eigenes Patentreferat. Zum Geschäftsbereich des BMJ gehören ferner das Deutsche Patent- und Markenamt (DPMA), das Bundespatentgericht (BPatG) und der Bundesgerichtshof (BGH). Zu all diesen Organisationen und auch zum Europäischen Patentamt (EPA) hin bestehen innige personelle Verflechtungen. Das BMJ-Patentreferat ist personell schwach ausgestattet und verlässt sich daher auf EPA, DPMA und andere Patentbewegungs-Institutionen. Die Karierre der BMJ-Beamten verläuft häufig innerhalb des Patentwesens. Sie folgen im allgemeinen (aus Gewohnheit) wortgetreu deren (von wenigen Instanzen beschlossener) herrschender Meinung und beschränken die argumentative Auseinandersetzung meist von vorneherein auf grammatische Fragen. Innerhalb der Bundesregierung und des Europäischen Rates vertreten sie energisch die Interessen der Patentanwälte führender Großkonzerne und in zweiter Linie der Patentinstitutionen. Sie verbitten sich Einmischungen "fachfremder" Personen (einschließlich BMWi, Abgeordnete) in ihren Kreis und begegnen diesen durch Ignorieren oder sonstige Diskussionsverhinderungsstrategien. Auch von tausenden von Personen unterzeichnete Briefe an das BMJ-Patentreferat (Dr Welp) blieben bisher unbeantwortet.
Die Position der deutschen Regierung zu Softwarepatenten ist bislang von Patentfunktionären bestimmt worden, die loyal die Vorgaben der Patentbewegung, nicht aber die der Regierung, umgesetzt haben. Im Gegensatz zu Parlamentsabgeordneten werden diese Funktionäre nicht gewählt sondern von Patentamtspräsidenten u.ä. befördert. Dennoch gibt es Wege, die deutsche Position im Rat zu beeinflussen. Christian Cornelssen und andere suchen nach diesen Wegen und dokumentieren ihre Ergebnisse, damit auch andere helfen können, diese Wege zu gehen.
Kurz nach der Entscheidung des Europäischen Parlamentes für eine Änderung der geplanten Softwarepatent-Richtlinie nimmt das Bundesministerium der Justiz in sibyllinischer Manier Stellung. Die Presse-Erklärung wendet sich schulmeisterlich belehrend gegen den Begriff "Softwarepatente" und behauptet, diese seien nie befürwortet worden und mit "computer-implementierte Erfindung" seien etwas ganz anderes gemeint, nämlich nur "Anti-Blockier-Systeme". Was noch zu der Kategorie "ABS" gehört und wie das BMJ verhindern will, dass allgemeine Datenverarbeitung im Gewande von Universalrechnern patentiert wird, verrät das BMJ nicht. Im Oktober 2002 hatte sich das BMJ im Rat für Programm-Ansprüche stark gemacht. Ob das BMJ hieran festhalten will und wie es sich sonst gegenüber dem Parlamentsvotum verhalten wird, beantwortet die Erklärung mit keinem Wort. Dieser ausweichende Formeltext wurde wörtlich im Namen der Ministerin an zahlreiche Fragesteller übersandt. Forderungen Tausender von Unterzeichnern nach Präzisierung der anzustrebenden Zielvorgaben hat das BMJ unbeantwortet gelassen.
Informationen darüber sammeln und liefern, wer die Entscheidungen des EU-Ministerrates zu Patenten und Informationellen Infrastrukturen bestimmt und wie man am besten mit diesen Leuten ins Gespräch kommt.
Das Deutsche Patentamt griff selten sichtbar Initiativen für die Absenkung der Patentierbarkeitsstandards. Es überließ dies meist dem EPA oder dem BGH. Doch seine Vertreter feuerten in Fachzeitschriften die inflationäre Entwicklung an. In seinen Presseerklärungen feiert das Patentamt wiederum die Ergebnisse dieser Inflation unkritisch als "positives Signal für den Standort Deutschland". Das DPMA steht im Wettbewerb zum Europäischen Patentamt (EPA) und muss um des eigenen Überlebens willen bei jeder Absenkung der Patentierbarkeitsstandards mitziehen. Es ist offensichtlich diesem eigenen Überlebensinteresse viel stärker verpflichtet als dem Interesse der Innovation in Deutschland. Organisatorische Inzucht fördert diese Tendenz: praktisch alle hohen Funktionäre des DPMA stammen aus der Patentbewegung, so z.B. aus dem BMJ-Patentreferat oder aus dem DPMA selber.
Im Januar 2001 erteilte das Bundesministerium f|r Wirtschaft und Technologie (BMWi) einer Bietergemeinschaft aus bekannten Denkfabriken der Patentbewegung, ndmlich dem Fraunhofer Institut f|r Innovationsforschung (ISI), der Fraunhofer Patentstelle (PST) und dem Max Planck Institut f|r ausldndisches und Internationales Patent-, Urheber- und Wettbewerbsrecht (MPI), den Zuschlag f|r eine Studie |ber die Geschdftsmodelle der Softwarebranche und die mvglichen Auswirkungen von Softwarepatenten auf diese Branche. Die Bietergemeinschaft schloss diese Studie im Juni 2001 weitgehend ab und prdsentierte am 10. Juli einer ausgesuchten Vffentlichkeit vorldufige Ergebnisse. Die Endfassung wurde am 2001-11-15 vom BMWi vervffentlicht. Die Studie beruht auf einer Umfrage an einige 100 Softwareunternehmen und freiberufliche Softwareentwickler. Die Umfrageergebnisse bestdtigen einerseits das bekannte Bild, wonach Patente nach wie vor in der Softwarebranche weitgehend eine unbekannte Grv_e sind und die meisten Antwortenden mit mehr oder weniger deutlichem Unbehagen auf die Ausdehnung der Patentierbarkeit blicken. Sie stellte auch eine sehr gro_e Bedeutung der freien Software f|r viele Unternehmen fest. Mittelfristig prognostiziert die Studie, Softwarepatente w|rden zu einer Dezimierung der Softwareunternehmen und einer Hemmung der Innovationstdtigkeit f|hren. Aus diesen Befunden leitet die Studie die Forderung ab, Softwarepatente zu legalisieren und die KMU |ber die Vorz|ge der Patentierung aufzukldren. Es wird nicht gefragt, wie man die Patentierbarkeit begrenzen kvnnte, welche Regeln daf|r in Frage kommen und wie sie sich auswirken w|rden. Der juristische Teil, f|r den das MPI verantwortlich zeichnet, beschrdnkt sich darauf, die bestehende Rechtsprechung des EPA und weiterer Gerichte aus den letzten 30 Jahren zu sichten, nach ihrem Wortlaut zu klassifizieren und mithilfe statistischer Methoden die Gesetzesregelung und die dazu in diametralen Gegensatz stehende neueste Praxis des Europdischen Patentamtes zu einem verwirrenden Datenbrei zusammenzur|hren, um die von den Patentjuristen der EU-Kommission angestrebte "Klarstellung" (= Legalisierung der neuen EPA-Praxis) erstrebenswert erscheinen zu lassen.
Prof. Dr.iur. Bernd Lutterbeck von der TU-Berlin, sein Assistent Robert Gehring und der M|nchener Patentanwalt Axel Horns nahmen im Spdtsommer 2000 unter dem Namen "Forschergruppe Internet Governance" einen Auftrag des BMWi f|r dieses 166 Seiten lange "Kurzgutachten" an, das im Dezember 2000 vervffentlicht wurde. Darin vertreten sie eine bereits hdufig zuvor vervffentlichte Rechtsauffassung des M|nchener Patentanwalts Axel H. Horns zur Frage der Patentierbarkeit von Computerprogrammen in Europa. PA Horns kann dem Art 52 EPkeine klare Bedeutung abgewinnen. Er erkldrt den traditionellen Technikbegriff des Patentwesens f|r nicht mehr zeitgemd_ und hdlt die grenzenlose Patentierbarkeit, wie das EPA sie in der Theorie anstrebt und in der Praxis bereits weitgehend verwirklicht hat, f|r unvermeidbar. Gleichzeitig wird aber vor diversen negativen Folgen des Patentwesens f|r Wirtschaft und Gesellschaft gewarnt und es werden diverse Ma_nahmen vorgeschlagen, mit denen die Sperrwirkung der Patente im Bereich der Informationsverarbeitung abgeschwdcht werden kvnnte, so dass zumindest in Deutschland ein Reservat |brig bleiben kvnnte, in dem Software-Quelltexte ungehindert vervffentlicht aber nicht gewerblich genutzt werden d|rfen.
Den neuen Text von Lutterbeck und Gehring, 3 Jahre nach ihrem von der Bundesregierung bestellten "Kurzgutachten" geschrieben, durchzieht erneut eine nicht unbedingt realistische Verehrung des Reellen (oder bessergesagt eines f|r autoritdtsbeladenen Ausschnittes desselben). Der naturalistischen Fehlschluss von der Praxis der Patentjustiz auf die zu etablierenden Regeln steht diesmal in merkw|rdigem Kontrast nicht nur zu zahlreichen von Lutterbeck und Gehring offenbar nicht gesichteten Gerichtsurteilen, sondern auch zu Beschl|ssen und inzwischen verabschiedeten Gesetzesentw|rfen des Europdischen Parlaments. Neben diesem grundlegenden Fehler zeit der Text einige recht originelle Ansdtze.
Das Patentsystem konnte 1877 in Deutschland nur deshalb gegen eine breite Front der Ablehnung seitens der Volkswirte durchgesetzt werden, weil es damals vorsichtig auf einen Kernbereich eingegrenzt wurde, in dem es wenig Schaden und, zumindest laut Argumentation des Deutschen Patentvereins und seines rührigen Vorsitzenden Werner v. Siemens, einigen volkswirtschaftlichen Nutzen stiftet: Erfindungen mit industrieller Anwendung, wobei nicht nur abstrakte Geistestdtigkeiten sondern auch Landwirtschaft, Bergbau uvm ausgeschlossen wurden. Später wurde präzisiert, die patentierte Problemlösung müsse mit dem Einsastz von Naturkräften stehen und fallen. Zugleich entwickelte sich das Patentwesen schrittweise vom "preußischen Patentverhinderungssystem" zu einer zunehmend verselbstständigten und im allgemeinen Moralbewusstsein verankerten Eigentumsform.