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Der medienpolitische Sprecher MdB Hans-Joachim Otto zeigt Mitte 2001 zeitweilig Tendenzen, den Wünschen der Patentlobby entgegenzukommen und nur noch die "Patentierung von Geschäftsmodellen" abzulehnen. Mit den Bestrebungen einiger Bundestagsabgeordneter, im Bundestag GNU/Linux einzuführen, konnte sich Otto nicht so recht anfreunden. Auf einigen von Microsofts PR-Berater Hunzinger organisierten parlamentarischen Abenden trat Otto als Ehrengast auf. Während des Wahlkampfes 2002 nahm er in der Frage der Logikpatente eine unentschiedene Haltung ein. Dies änderte sich nach dem Beschluss des Europäischen Parlaments. Im März 2004 informierte sich das Büro Otto intensiv über die Fragen und erarbeitete zusammen mit FDP-Arbeitsgruppen Positionen, die denen des FFII sehr nahe stehen. Dies hatte u.a. mit fortgeschrittener Meinungsbildung in FDP-nahen Freiberufler- und Mittelstandsvereinigungen und entsprechenden FDP-Arbeitskreisen zu tun.
Zu den Mitgliedern der FDP gehören der derzeitige Präsident des Europäischen Patentamtes (EPA) Ingo Kober und weitere EPA-Funktionäre. Auch Sabine Leutheuser-Schnarrenberger bekleidete zeitweilig führende Rollen im EPA. Auch das Patentanwaltsmilieu steht der FDP nicht fern. Andererseits arbeiten hundertausende von Programmierern in kleinen Wirtschaftseinheiten, die ebenfalls zur Zielkundschaft der FDP gehören. Mit dem Wort "Individualsoftware" in der Erklärung soll dies vielleicht angedeutet werden. Sonst wäre die Erwähnung von Individualsoftware kaum zu erklären, denn die Patentgefahr beschränkt sich weder auf diesen Sektor noch trifft sie ihn am stärksten. Man kann ahnen, dass es auf dem Parteitag einen Richtungsstreit gegeben haben muss.
Software genießt heute weltweit umfassenden Schutz durch das Urheberrecht. Damit ist den Herstellern und Programmierern ein starkes absolutes Recht verliehen, um ihre Interessen umfassend gegenüber Dritten wahrnehmen zu können. Indes kennt die US-amerikanische Rechtsordnung auch die Patentierbarkeit von Software. Im Gegensatz zum Urheberrecht schützt das Patent jedoch nicht das fertige Produkt, sondern dehnt den Schutz auf die Methode oder gar ein softwarebasierendes Geschäftsmodell aus. Die Entwicklung in den USA zeigt schon heute deutlich, dass die Patentierung von Software sich negativ auf die Entwicklung neuer Produkte und Geschäftsmodelle auswirken kann. Denn einzelne Softwarepatente können im Bereich der sogenannten Individualsoftware ganze Märkte blockieren.
Sowohl nach deutschem Patentrecht als auch nach dem Europäischen Patentübereinkommen sind Computerprogramme als solche derzeit nicht patentierbar. Die FDP spricht sich dafür aus, an dieser Rechtslage im Grundsatz festzuhalten. Angesichts der unterschiedlichen Praxis in den EU-Mitgliedsstaaten begrüßt es die FDP, dass die Europäische Kommission jetzt die Initiative ergriffen hat, um einen einheitlichen europäischen Ansatz zur Frage der Softwarepatente zu entwickeln. Ein solcher Ansatz im Rahmen der EU ist einer Novellierung des Europäischen Patentübereinkommens eindeutig vorzuziehen, denn er schafft supranationales Recht und damit Rechtssicherheit und Rechtsklarheit für Unternehmen im gesamten Europäischen Binnenmarkt. Inhaltlich sollte eine EU-Richtlinie zur Patentierung von Software die europäische Softwareindustrie durch einen liberalen, wettbewerbsorientierten Ansatz in ihrer Innovationsfähigkeit bestärken.